סעיף 38 לחוק העמותות קובע מהם המסמכים שעל כל עמותה להגיש לרשם העמותות. את המסמכים יש להגיש בחתימות מקוריות של שני חברי ועד, תוך ציון שמות החותמים. לחילופין, ניתן להגיש העתק מהמסמכים חתומים כאמור, כשהוא חתום כ"העתק נאמן למקור" על-ידי עו"ד או רואה חשבון. הדיווח יועבר לרשם העמותות תוך שבועיים מיום קבלת ההחלטה או מיום האירוע, למעט הדוחות הכספיים והדוח המילולי המוגשים אחת לשנה.

בהתאם להוראות תקנות העמותות (טפסים), התשנ"ט – 2009, חלה חובה להגיש לרשם העמותות דיווחים על גבי טפסים כפי שנקבעו בתקנות. חלה חובה למלא טפסים אלו באמצעות הטפסים המקוונים כפי שיופיעו באתר רשם העמותות, ולהגיש לרשם פלט חתום כאמור לעיל.

המסמכים שעל העמותה להגיש לרשם כוללים:

1. הודעה על שינוי מען העמותה;
2. הודעה על מינוי חבר ועד, ועדת ביקורת או הגוף המבקר, או פקיעת כהונתם, וכן הודעה על מינוי רו"ח ופקיעת כהונתו;
3. פרוטוקול האסיפה הכללית הכולל החלטה לשנות את תקנון העמותה, שמה או מטרותיה;
4. החלטת האסיפה הכללית או הוועד בדבר הרשאים לחתום בשם העמותה;
5. הודעה על הגשת תובענה כנגד העמותה או כנגד חבר הוועד בתוקף תפקידו כחבר הוועד. יש לציין בהודעה את שמות הצדדים, בית המשפט שאליו הוגשה התובענה, העילה ומספר ההליך;
6. הדו"חות הכספיים של העמותה, הכוללים: פירוט של חמשת מקבלי השכר הגבוה בעמותה, דו"ח על תרומות והודעה על תרומות מישות מדינית זרה לפי סעיף 36א לחוק. אופן עריכת הדו"חות הכספיים יפורט בהמשך;
7. הדו"ח המילולי של העמותה;
8. פרוטוקול החלטת האסיפה הכללית לאשר את הדו"ח הכספי והדו"ח המילולי בצירוף הדו"ח הכספי ובצירוף המלצת ועדת ביקורת או הגוף המבקר לגבי הדו"ח הכספי והדו"ח המילולי, ואם נתמנה רו"ח, בצירוף חוות דעתו על הדו"ח הכספי;
9. פרוטוקול בדבר החלטת האסיפה הכללית על פירוק מרצון ועל מינוי מפרק;
10. דיווח רבעוני על קבלת תרומה מישות מדינית זרה.5 (ראה הרחבה בפרק תרומות מישות
    מדינית זרה).

על פי סעיף 38א לחוק, רשם העמותות רשאי לדרוש כל מסמך או מידע נוסף לצורך הבהרת פרטים שצוינו או שצריך היה לציין בדו"ח הכספי או בדו"ח המילולי, או לצורך הבהרות באשר להתנהלותה החוקית של העמותה.
נוסף על האמור, מפקחים מטעם הרשם מוסמכים לדרוש מידע ומסמכים מהעמותה וכן מנושאי משרה בעמותה, מעובדיה ומכל אדם הנוגע בדבר, לשם פיקוח על התנהלות העמותה בהתאם להוראות החוק.

המסמכים המוגשים לרשם העמותות צריכים להיות בשפה העברית או הערבית. אין להגיש מסמכים בשפה האנגלית או בכל שפה אחרת. לאור האמור, מסמכים אשר יוגשו לרשם העמותות שלא כאמור לעיל, לא ייחשבו כדיווח או הודעה המוגשים לרשם כדין.

מועד הגשת הדוח הכספי והדוח המילולי

בהתאם לסעיף 36(ד) לחוק העמותות יש להגיש את הדוח הכספי והדוח המילולי, לא יאוחר מיום 30 ביוני בשנה שלאחר תם תקופת הדוח, כשהוא חתום בידי שניים מחברי הוועד, ורשאי הרשם להאריך את המועד להגשתם.