סעיף 30א לחוק העמותות קובע כי בעמותה שמחזורה עולה על עשרה מיליון ₪ ימונה מבקר פנימי. הוראה זו, שהנה חלק מתיקון 14 לחוק העמותות, מחייבת מיום 6/2/15. המחזור לעניין זה הינו מחזור העמותה בהתאם לדו"ח הכספי האחרון שהיה על העמותה להגיש לרשם בהתאם לסעיף 36 לחוק העמותות. יצוין כי ככל שעמותה כללה בדו"חות הכספיים, בהתאם להוראות גילוי דעת 69 ותקן 5, הכנסות בשווה כסף לרבות שווי מתנדבים, שווי שימוש, תרומות בשווה כסף וכד' הרי שהכנסות אלה יכללו כחלק מהמחזור לעניין חובת מינוי מבקר הפנים.
במקרים גבוליים, מומלץ לעמותה למנות מבקר פנים. כמו כן, מומלץ לעמותה שמחזורה צפוי לעלות על 10 מיליון בשנה שלאחר שנת הדו"ח שהוגש, להיערך בעוד מועד למיניו של מבקר פנים ובכל מקרה ברור כי עמותה רשאית למנות מבקר פנים באופן וולונטרי, אף אם מחזורה נמוך מ 10 מיליון.
בנוסף, על-פי חוק הביקורת הפנימית, קיימים מספר גופים, וביניהם עמותות בודדות, החייבים במינוי מבקר פנים.

מינוי מבקר פנימי מהווה כלי נוסף לחיזוק הבקרה הפנימית בעמותה. כחלק מתפקידו, על המבקר הפנימי לבדוק תהליכים בעמותה, את פעולותיה להגשמת מטרותיהו את תקינות פעולות העמותה מבחינת שמירה על החוק ועל כללי התנהלות תקינה (למשל: תהליכי בקרה בעמותה, ניהול סיכונים וממשל תאגידי). תפקידו אינו זהה לתפקידי ועדת הביקורת או הגוף המבקר, ועל כן לא ניתן למנותו במקומם ואותו גורם אינו יכול לשמש גם גוף מבקר וגם מבקר פנימי. בעוד שוועדת הביקורת או הגוף המבקר הינם מוסד חובה בכל עמותה והם כפופים לאסיפה הכללית, המבקר הפנימי נועד, כאמור, להיות מנגנון בקרה פנימי נוסף, בעמותות שמחזורן עולה על 10 מיליון ₪, והוא כפוף ליו"ר ועד העמותה או למנכ"ל, בהתאם לתקנון העמותה, או כפי שיקבע הוועד, אם העניין לא הוסדר בתקנון. מכאן, מערכת היחסים בין הגופים הוסדרה בחוק באופן כזה שפעולות הביקורת הן נפרדות זו מזו, מבוצעות באופן עצמאי על ידי כל אחד מהם ומעוגנות בתכנית עבודה נפרדת, אך אין כמובן מניעה שיהיה ביניהן קשר, ולעיתים הקשר מתבקש כחלק מביצוע פעילות הביקורת על ידי כל גוף.

המבקר הפנימי ימונה על ידי הוועד, בהסכמת ועדת הביקורת, ואם לא הגיעו להסכמה, תכריע בעניין האסיפה הכללית. על העמותה להחליט על הדרך המתאימה לקידום מינוי כאמור, במסגרת זו היא יכולה לפרסם הודעת דרושים, הזמנה להציע הצעות או לפנות למספר מבקרי פנים, כראות עיניה. יוער כי ביחס לעמותה שהוגדרה כ"גוף דו מהותי", חלים כמפורט להלן בפרק 'הוראות מיוחדות' כללים מחמירים יותר, המחייבים בדרך כלל רק גופים ציבוריים דוגמת משרדי ממשלה ועיריות, ובכלל זה לעניין עריכת מכרזים.

על המבקר להיות יחיד, תושב ישראל, אשר לא הורשע בעבירה שיש עמה קלון. המבקר צריך להיות בעל תואר אקדמי ממוסד להשכלה גבוהה בישראל או מוסד בחו"ל שהוכר על ידי מוסד להשכלה גבוהה בישראל, עו"ד, רו"ח, בעל ניסיון של שנתיים בעריכת ביקורת או מי שהשתתף בהשתלמות מקצועית שקבע שר הכלכלה ושאושרה על ידי ועדת השתלמויות ייעודית (ר' סעיף 3(א) לחוק הביקורת הפנימית).

נושא משרה או בעל עניין בעמותה, או קרוב של מי מאלה, וכן רואה החשבון המבקר או מי מטעמו לא יכולים לכהן כמבקר פנימי. המבקר הפנימי לא ימלא תפקיד נוסף בעמותה, למעט ממונה על תלונות ציבור או תלונות עובדים, וגם זאת, רק אם לא יהיה בכך כדי לפגוע במילוי תפקידו העיקרי. כמו כן, לא ימלא המבקר תפקיד מחוץ לעמותה אם הוא עלול ליצור ניגוד עניינים עם תפקידו בעמותה. אין מניעה למנות חבר עמותה, שמתקיימים לגביו כל התנאים המפורטים לעיל, כמבקר פנימי של העמותה.

המבקר הפנימי יגיש לאישור הוועד תכנית עבודה שנתית או תקופתית, לאחר שוועדת הביקורת בחנה אותה. יו"ר הוועד או יו"ר ועדת הביקורת רשאים להטיל על המבקר לערוך ביקורת פנימית, נוסף על תכנית העבודה שאושרה, אם התעורר צורך בבדיקה דחופה.

המבקר יערוך ביקורת על פי תקנים מקצועיים מקובלים ויגיש את ממצאיו ליו"ר הוועד, למנכ"ל וליו"ר ועדת הביקורת. סוג הביקורת בהתאם לתכנית העבודה של המבקר הפנימי, תלוי באופי העמותה וצרכיה, למשל היקף וסוג פעילותה, היקף העסקת עובדים, ועוד. על העמותה למנות את מבקר הפנים המתאים לצרכי הביקורת הפנימית בה בהתאם למאפייניה כאמור, בין היתר לעניין היקף שעות העבודה הנדרש, מומחיות מיוחדת, ככל שנדרשת וכיו"ב, זאת על פי שיקול דעתה.

ממצאי הביקורת של המבקר הפנימי יוגשו ליו"ר הוועד המנהל, למנכ"ל וליו"ר וועדת הביקורת.
ממצאי ביקורת בעניין אשר הצריך בדיקה דחופה, מחוץ לתכנית העבודה, יוגשו למי שביקש את הביקורת- יו"ר הוועד או יו"ר ועדת הביקורת. רצוי לקיים את הדיונים בממצאי הדו"ח בהשתתפות כל מי שממצאי הביקורת הוגשו לו, אולם עניין זה נתון להחלטת העמותה, באופן שיבטיח את אפקטיביות הביקורת הפנימית ככלי ניהולי – פנימי. כך למשל, אין מניעה כי העמותה תחליט כי הדיון בממצאי הדוח יתקיים בפני הועד המנהל בלבד או אף כי דוח הביקורת מהווה כלי ניהולי, יש לקיים את הדיון בממצאיו (ככלל או במקרים מסוימים) באסיפה הכללית של העמותה. יוער כי מאחר שהמנכ"ל הינו הדרג הבכיר ביותר הממונה על הניהול השוטף, נראה כי יש מקום לקבל את תגובתו והערותיו תוך כדי גיבוש דו"ח הביקורת וטרם הגשתו כדו"ח סופי.

לצורך ביצוע תפקידו, רשאי המבקר הפנימי או מי שפועל מטעמו, לדרוש כל מסמך ומידע המצוי בידי העמותה או עובדיה הדרוש לדעתו לצורך ביצוע תפקידו. מי שנדרש על ידי המבקר הפנימי להעביר מידע או מסמך, יעבירו תוך הזמן הנקוב בדרישה ובאופן הנקוב בה. כמו כן, למבקר הפנימי תהיה גישה למאגרים ובסיסי נתונים של העמותה לצורך מילוי תפקידו. המבקר הפנימי רשאי אף להיכנס לכל נכס של העמותה ולבדוק אותו.

המבקר הפנימי רשאי לפנות ליו"ר ועדת הביקורת ולבקש את כינוסה של הוועדה, תוך פירוט הנושא המבוקש לדיון ויו"ר הוועדה יכנסה תוך זמן סביר ממועד הבקשה, אם ראה טעם לכך וכן רשאי המבקר הפנימי להשתתף בכל דיוני הוועדה או הגוף המבקר.

לא ניתן להפסיק את כהונתו של המבקר הפנימי שלא בהסכמתו או להשעותו מתפקידו, אלא אם כן החליט על כך יו"ר הוועד, לאחר שקיבל את עמדת ועדת הביקורת או הגוף המבקר ולאחר שניתנה למבקר הזדמנות סבירה להשמיע את דעתו בפני שניהם.