אחד הנושאים המרכזיים הנבדקים לעניין תקינות פעילות העמותה הוא קידום מטרותיה הרשומות. המטרות הרשומות הן אלו שנרשמו על-ידי הרשם במסגרת הבקשה בעת פתיחת העמותה, או מטרות שנרשמו על ידי הרשם בשלב מאוחר יותר, אם שונו לבקשת העמותה, בהליך כמפורט להלן.
עמותה אינה רשאית לבצע פעולות שאינן במסגרת מטרותיה הרשומות אף אם המדובר בפעולות חשובות, המסייעות לציבור או לנזקקים.
על עמותה לקדם את כל מטרותיה הרשומות, ולבטל מטרות שאין בכוונתה לקדם. אם לעמותה מטרות רשומות שלא קודמו במשך תקופת זמן בלתי סבירה, על העמותה חלה האחריות לבטלן או להראות תכנית מעשית לקדמן.
עמותה הרוצה להוסיף, לגרוע או לשנות מטרות קרובות למטרות הקיימות שלה, רשאית, בהתאם לסעיף 11(א) לחוק העמותות, לכנס אסיפה כללית ולקבל החלטה על כך, ולאחר מכן להעביר את ההחלטה לבחינת רשם העמותות. המטרות החדשות לא יכנסו לתוקף ולא ניתן יהיה לפעול על פיהן אלא לאחר רישומן בידי הרשם. במידה והמטרות שהעמותה מבקשת לגרוע, לשנות או להוסיף אינן קרובות למטרות הקיימות של העמותה, על העמותה לפנות לבית המשפט כדי לקבל את אישורו לפעולה המבוקשת. בכל מקרה, לא יהיה תוקף לשינוי המטרות לפני רישומן בידי הרשם.
יודגש כי אין די בהגשת פרוטוקול לרשם בדבר שינוי מטרות, אלא, רישום השינוי, בכפוף להוראות להלן בדבר אישור שינוי המטרות, הוא תנאי לכך שהשינוי יכנס לתוקף.
טרם קבלת החלטה על שינוי מטרות, מחובתו של הועד להציג בפני האסיפה הכללית את פירוט הנכסים שצברה העמותה למטרותיה הקיימות והמחויבויות שקיבלה על עצמה העמותה לעניין זה, לרבות כלפי תורמים לעמותה. עמידה בתנאים הנ"ל חיונית כדי לוודא שלא תתקבל החלטה כה משמעותית בחיי העמותה כלאחר יד, אלא לאחר שהעמותה שקלה כראוי את השלכותיה, וכן תוודא כי אין פגיעה באינטרסים של התורמים לעמותה בעקבות השינוי. לגבי מחויבות כלפי תורמים שכספם ישמש למטרה מסוימת, ובכלל זה, המשמעויות של שינוי מטרות במקרה כזה – ראו להלן בפרק "ניהול נכסי העמותה לקידום מטרותיה".
על פי סעיף 1 לחוק, מטרתה העיקרית של עמותה איננה יכולה להיות מכוונת לעשיית רווחים. לפיכך, פעילותה העיקרית של עמותה איננה יכולה להתבטא בהחזקת מניות בחברה עסקית, גם אם במקרה זה החברה היא בבעלותה המלאה של העמותה וכל רווחיה מחולקים לעמותה.
עם זאת, עמותה רשאית להחזיק במניות בחברה עסקית לבד או יחד עם גופים מלכ"רים נוספים ובתנאי שפעילות זו אינה פעילותה העיקרית, ושרווחי פעילות זו משמשים את מטרותיה העיקריות של העמותה. לגבי החזקה במניות בחברה עסקית יחד עם גורם פרטי ראה בפרק "פעילות עסקית על ידי עמותה".
