על עמותה המקיימת פעילות משמעותית בתחום מסוים לדאוג לקיומם של נהלים מקצועיים ומפורטים בכתב, המסדירים את הפעילות האמורה. כך למשל, מצופה מעמותה המעסיקה עובדים ומקיימת פעילות משמעותית לקבוע נוהל קבלת עובדים לעמותה, נוהל התקשרות עם ספקים, נוהל נוכחות עובדים בעבודה, נוהל קופה קטנה וכיו"ב נהלים המבטיחים פעילות תקינה ורציפה בעמותה לאורך זמן. היקף הנהלים ורמת הפירוט שלהם יותאם להיקף הפעילות של העמותה.
על עמותה המהווה גוף דו מהותי (ראה פרק בעניין הוראות מיוחדות), לאמץ, בין היתר, נוהל בנוגע להתקשרויות הכולל עקרונות מדיני המכרזים.
