עמותה חייבת לפעול על-פי התקנון שלה. חובה זו נובעת הן מסעיף 27 לחוק העמותות הקובע כי על חברי הוועד לפעול בהתאם לתקנון העמותה, והן מסעיף 9 לחוק העמותות הקובע כי דין התקנון כדין חוזה בין העמותה לבין חבריה ובינם לבין עצמם.

סעיף 12(ב) לחוק העמותות קובע כי אם יש עניין המוסדר בתקנון המצוי, אך אינו מוסדר בתקנון העמותה, או מוסדר בו באופן חלקי או לקוי (בניגוד להוראות החוק), יחולו על אותו עניין הוראות התקנון המצוי.

יצוין, כי לא די בכך שכל חברי העמותה הסכימו על הסדרת עניין מסוים בדרך מסוימת, אלא יש לבדוק האם העניין תואם את תקנון העמותה. על עמותה לקיים את דרישות התקנון שלה גם אם אינן נוחות וגם אם יש בעמותה רוב מכריע נגד דרישות אלו. כך לדוגמא, עמותה שאימצה את התקנון המצוי, אינה רשאית למנות מורשי חתימה שאינם חברי ועד העמותה, שכן סעיף 18 לתקנון המצוי קובע כי מורשי החתימה יהיו מבין חברי הוועד. כמו כן אם נקבע בתקנון כי כל מספר שנים יערכו בחירות לוועד עמותה, אין חברי העמותה רשאים לוותר על קיום הבחירות.

במידה והעמותה מעוניינת לשנות סעיף בתקנון, יש לקבל החלטה בדבר השינוי באסיפה הכללית, ולאחר מכן להעביר את ההחלטה לבחינת רשם העמותות תוך 14 ימים מיום קבלת ההחלטה על השינוי ולדווח על כך באופן מקוון בטפסים שנקבעו. השינוי ייכנס לתוקף רק לאחר רישומו בידי רשם העמותות. יש להקפיד על כך שגם ההחלטה תתקבל בהתאם לתקנון אם ישנה הגבלה לגבי הרוב הנדרש, זכות וטו וכיו"ב.

במסגרת בדיקת נוסח התקנון על ידי רשם העמותות, תיבחן התאמתו לדרישות החוק, ובכלל זה, הוראות הנחיות אלה. במקרה שבמסגרת הבדיקה יעלה הצורך לתקן את הוראות התקנון, כאשר התיקון נובע מכך שהחוק קובע הסדר חד משמעי אחר בעניין, לא תידרש העמותה לכנס שוב את האסיפה הכללית לאישור הנוסח. במקרה כזה ניתן יהיה לרשום את התיקון, ללא אישור נוסף של האסיפה הכללית, אם חתמו שני חברי ועד על הנוסח המתוקן והם נתנו התחייבות בכתב לרשם שיביאו את התיקונים שנדרשו לפני האסיפה הכללית הקרובה.
אם מדובר בנושא מהותי, בו קיים מרחב שיקול דעת לאסיפה הכללית, יהיה צורך להביא את העניין שוב לאישורה בטרם הגשת הנוסח המתוקן לרשם לשם רישום הנוסח המתוקן על ידו .

מומלץ שהעמותה תחזיק בנוסח שלם ומעודכן של התקנון, הכולל את כל השינויים שנעשו בו עד לאותו עת.