נכון לשנת 2014, עמותה שהמחזור הכספי שלה עולה על 1,172,933 ₪ (סכום המתעדכן מידי שנה), חייבת למנות רואה חשבון לבקר את הדו"חות הכספיים שלה, ולהגיש דין וחשבון מבוקר.

האסיפה הכללית היא שצריכה למנות את רואה החשבון ולקבוע את שכרו.

עד האסיפה השנתית הראשונה של העמותה, רשאי הוועד למנות את רואה החשבון ולקבוע את שכרו. רואה החשבון הראשון יכהן עד לקיומה של האסיפה השנתית הראשונה, בה יאושר המינוי או ימונה רו"ח אחר.

כל אחד מחברי העמותה רשאי להציע מועמד לתפקיד רו"ח של העמותה. הצעה למינוי רו"ח תשלח לחברי העמותה ולרואה החשבון לפחות 7 ימים לפני מועד האסיפה. ככל שיש כוונה להחליף את רואה החשבון, יש להודיע על כך לרואה החשבון המכהן לפחות 7 ימים לפני מועד כינוס האסיפה הכללית.

על רואה החשבון להשתתף בכל אסיפה כללית הדנה בדוחות הכספיים שהוא ביקר, כדי לספק כל הודעה או הסבר נדרשים בנוגע לאותם דוחות כספיים.

במקרה שהעמותה לא מינתה רו"ח כנדרש, רשאי הרשם, לפי בקשת אחד מחברי העמותה, למנות לה רו"ח לאותה שנה ולקבוע את השכר שהעמותה תשלם לו בעד שירותיו.

רואה החשבון של העמותה רשאי אף הוא, כמו חברי הוועד וועדת הביקורת, לעיין במסמכים הדרושים לו לדעתו לצורך ביצוע תפקידו ולצלמם.

יודגש כי, לא ניתן למנות את אותו רואה החשבון שמבקר את הדו"חות הכספיים של העמותה כגוף מבקר במקום ועדת הביקורת, כדי שלא ליצור ניגוד עניינים בין שני התפקידים.

על פי תקנות רואי החשבון, ככלל, רואה החשבון המבצע את הביקורת על הדו"ח הכספי אינו רשאי לבצע עבור העמותה את הנהלת החשבונות, אולם אם המחזור הכספי של העמותה הוא עד 5 מיליון ₪, רשאי אדם ואף שותף אחר ממשרד רואי החשבון שאינו חלק מצוות הביקורת שביקר את הדו"ח הכספי לבצע את הנהלת החשבונות. בעמותות שמחזורן הכספי באותה שנה עולה על 5 מיליון ₪, ככלל, הנהלת החשבונות לא תתבצע גם על ידי אחרים באותו משרד רואי חשבון.