כחלק מתוכנית העבודה השנתית של רשם העמותות מקיים רשם העמותות ביקורות עומק יזומות בעמותות, באמצעות משרדי רואי חשבון הפועלים כבודקים חיצוניים מטעמו. הביקורת נערכת במגוון עמותות מתחומים שונים ובעלי מחזור שנתי בהיקפים שונים. מטרת הביקורת לבדוק את פעילות העמותה ועמידתה בהוראות החוק, בהוראות תקנונה ובמטרותיה.

הביקורת מטעם רשם העמותות איננה מתבצעת במקום ביקורות של משרדי ממשלה המעניקים תמיכה או תקצוב או המפקחים על פעילות העמותה. ביקורות אלה מתמקדות בדרך כלל בנושאים מקצועיים שלגביהם ניתנה תמיכה מיוחדת מהמשרד או שמפוקחים ע"י אותו משרד.

יחד עם זאת יצוין כי רשם העמותות מתאם את תכנית העבודה עם החשב הכללי, שמבצע אף הוא ביקורות עומק שנועדו לוודא כי כספי התמיכות שניתנו על ידי המדינה לעמותות, שימשו ליעדם. מטרת התיאום האמור הנה להימנע מיצירת עומס גדול על העמותות המבוקרות, ולפיכך המדיניות היא כי לא תתחיל ביקורת עומק נוספת במהלך התקופה של שלש שנים מתום ביקורת קודמת של הרשם או החשב הכללי , אלא אם כן קיימות נסיבות מיוחדות המצדיקות עריכת ביקורת נוספת.

ממצאי הביקורת מועברים על ידי רואה החשבון שביצע את הביקורת, לידי רשם העמותות, וזאת לאחר שהועברה טיוטת הדוח לתגובת העמותה. והרשם עשוי להחליט, בהתאם לממצאים, על הפעולה המתאימה ובין היתר: שלילת אישור ניהול תקין, דרישה לתיקון ליקויים במסגרת מועדים ובפרק זמן שייקבע, מינוי גורם מלווה ובמקרים מסוימים אף פירוק. ממצאי הביקורת אף עשויים לעבור לידיעת גורמים נוספים, בעיקר כאשר מדובר בהפרה של חוק מיוחד החל על העמותה, ואשר נמצא באחריות אותו גורם. בדומה, מועברים לרשם העמותות להתייחסותו ולטיפולו, דוחות ביקורת מגורמים רשמיים אחרים כגון החשב הכללי, משרד החינוך ועוד.

בהתאם להוראות החוק, על עמותה, חבר עמותה, עובד או נושא משרה בה, שנעשתה אליהם פנייה לדרישת מידע ומסמכים מטעם בודק חיצוני, לשתף פעולה באופן מלא בהמצאת מסמכים, מתן מענה לשאלות ומתן סיוע לבודק החיצוני בעת הביקור בשטח.

הרשם מלווה ומנחה את הבודק החיצוני ומפקח עליו. בנוסף הרשם רשאי לעיין מחדש בממצאי הבודק, לערוך בדיקות נוספות, למנות בודק חיצוני אחר או לפעול בדרך אחרת. מי שרואה עצמו נפגע מבדיקה שערך בודק חיצוני, ממצאי הבדיקה, מהמלצותיו או מכל פעולה אחרת שלו, רשאי לפנות בבקשה מנומקת בכתב לרשם. רשם העמותות פרסם כתובת דוא"ל ייעודית לפניות מסוג זה: Pniotbdikotomek@justice.gov.il.

בתקופת ביקורת העומק, על העמותה להמשיך בהגשת הדיווחים והמסמכים על פי דין למשרד רשם העמותות ולא לרואה החשבון הבודק.